Уникални експонати от историята на Православната църква и българската държава са събрани в музея в Клисурския манастир „Св. Кирил и Методий”. 25-килограмово сребърно евангелие е най-атрактивният експонат в експозицията. То е изработено през 1894 г. в Русия за църква в гр. Берковица. До него поклонниците ще видят още по-старо евенгелие – от 1778 г., дарение на манастира от руския император Николай II. В една от витрините музеят, който е единствен във Видинската епархия, съхранява вещи на първия български екзарх Антим I. Той е и първият председател на Народното събрание на България след Освобождението. Сред тях са богослужебните му одежди, жезълът и среброкованата му корона.
Музеят показва уникални експонати и реликви, свързани с историята на цялата Българска църква и на държавата, защото в него са изложени оригиналните богослужебни одежди на първия Български екзарх Антим І, неговата среброкована корона, жезълът му от 1873 г., подарен в Цариград. Изложени са лични молитвени реликви на първия игумен на светата обител, сред които е неговият кръст, изработен в 1791 г. при император Павел в Русия.
В музея са подредени реликви и от съседни храмове. Това са лични молитвени реликви на бившите видински митрополити. Особен интерес предизвиква икона на св. Богородица от ХVІІ век, 1688 г., когато е избухнало Чипровското въстание. Има сребърна икона на св. Александър Невски от 1877 г., подарена от император Александър ІІ на един от неговите генерали.
В детайли е представена историята на Клисурската света обител от Възраждането до днес. Последното обновяване на манастира е от 1867 г. Историята е изпълнена с много дати, имена, интересни факти. Знаменити личности са посещавали Клисурската света обител, като се започне от Иван Вазов и се стигне до Йордан Радичков.
Клисурският манастир е изграден през 1240 г. по времето на цар Иван Асен II. Няколко пъти е опустошаван, а през 1867 г. е възстановен от игумена си Антим Дамянов. Оттогава за святото място са се грижили 10 игумени. От 2008 г. обителта е обявена за женска и се ръководи от младата монахиня Таисия. Тя и сестрите й намират място за смирение и молитва в манастира край Берковица през есента на 2008 г. Идват от Македония. След разкол в тяхната църква изоставят манастира „Свети Илия” край Скопие и се преселват в България. Част от тях са пристигнали в светата обител като послушнички и са приели монашеството тук. Момичетата преобразяват манастира за месеци. Те са тези, които шият одеждите на свещениците в цялата Видинска епархия, рисуват и икони в стила на Охридската иконописна школа от XII-XIII век.
Работното време на музея: събота и неделя от 11:00 ч. до 16:00 ч.